Dans Fauna, à chaque manche, les joueurs estiment les habitats et les mensurations d’un animal. Chacun leur tour, ils posent un de leur 6 pions Estimation sur une case inoccupée du plateau : une région du planisphère ou une case sur les échelles de mesure (poids, taille, longueur de queue).

Lorsque tous les joueurs ont posé leurs pions ou passé, on passe au décompte : les pions placés sur une case correcte rapportent le plus de points, les pions placés sur une case adjacente à une case correcte rapportent un peu moins de points, les autres pions (trop loin d'une bonne réponse) sont écartés. En fin de tour, chaque joueur peut récupérer un pion écarté.

En fin de partie, le joueur qui cumule le plus de points gagne.