La production et la distribution de sushi dans la ville de Mininogata sont contrôlées par plusieurs clans félins. À la tête de ces clans se trouve le Kumichō, chef suprême du syndicat, mais il est désormais un vieux chat et devra bientôt décider qui lui succédera.

Dans Neko Syndicate, vous dirigerez l'un de ces clans et vous prouverez au Kumichō que vous méritez d'hériter de sa position, en construisant une chaîne de commandement efficace et en répondant à la grande quantité de sushi demandée par la population. De plus, vous serez récompensé si vous êtes le plus rapide à réaliser les missions du Kumichō.

Pendant la partie, vous construirez et parcourrez la structure pyramidale d’une carte qui représente à la fois un quartier de la ville sous votre contrôle et votre chaîne de commandement. Cette structure pyramidale servira de plateau et d'arbre d'action qui vous permettra de cuisiner des sushis et de les transporter dans différentes zones de livraison, en essayant d'accomplir les missions du chef suprême. Vous disposerez de 15 tours pour obtenir un maximum de points de prestige afin de plaire au chef suprême Kumichō et ainsi remporter la partie.